Sobald das Eis um die Bäche und Seen im Gebirge geschmolzen ist, beginnt die Brutzeit. Die Nester sind meist gut in Gebüschen versteckt. Das Weibchen legt zwischen vier und sechs Eier, die es im Laufe von etwa vier Wochen ausbrütet. Nachdem die Jungen geschlüpft sind, folgen sie den Eltern zum nächstgelegenen Gewässer. Sie sind von Anfang an dazu in der Lage, selber Fressen zu finden. Das ist auch gut so, denn im Laufe von nur wenigen Sommerwochen müssen sie sich von Dunenküken zu flugtauglichen Individuen entwickeln..
Während der Brutzeit sind die Zwerggänse sehr anfällig für Störungen. Sie können sehr leicht durch Menschen verscheucht werden. In der Vergangenheit haben Sportangler und Wanderer in einigen Gebieten Probleme verursacht. Um Störungen zu vermeiden, wurden Maßnahmen zur Gewässerkultivierung eingestellt und Wanderwege verlegt. Sollten Sie dennoch beim Wandern Zwerggänse entdecken, machen Sie bitte einen großen Bogen um die betreffende Stelle.