Så snart isen er smeltet rundt bekker og tjern i viddeområdene, begynner hekkingen. Reiret plasseres oftest godt skjult i krattvegetasjon. Hunnen legger mellom 4 og 6 egg som hun ruger på i ca. 4 uker. Etter klekkingen følger kyllingene med foreldrene til nærmeste vann. De er straks i stand til å finne mat på egen hånd. Dette kommer godt med, for i løpet av noen få sommeruker skal de utvikle seg fra dunkyllinger til flygedyktige individer.
I hekketiden er dverggåsa svært sårbar for forstyrrelser. Menneskelig ferdsel i hekkeområdene kan lett skremme vekk fuglene. Sportsfiske og fotturisme har vært et problem i noen områder. For å unngå forstyrrelser av gjessene har man disse stedene sluttet med kultiveringstiltak i vannene og flyttet turstier. Om du skulle oppdage hekkende dverggjess på vidda, vær så snill å gå i en stor bue utenom stedet.
